一次性PCR擴增可以設置一系列不同的退火溫度條件（通常12種溫度梯度）的稱之為梯度PCR儀。因為被擴增的不同的DNA片段其適合的退火溫度不同，通過設置一系列的梯度退火溫度進行擴增，從而一次性PCR擴增就可以篩選出表達量高的適合退火溫度進行有效的擴增。主要用于研究未知DNA退火溫度的擴增，這樣可節省試驗時間、提高實驗效率，又節約實驗成本。在不設置梯度的情況下亦可當做普通的PCR用。梯度PCR儀多應用于科研、教學機構。

PCR儀適用于分子生物學、醫學、食品工業、司法科學、生物技術、環境科學、微生物學、臨床診斷、流行病學、遺傳學、基因芯片、基因檢測、基因克隆、基因表達等領域以聚合酶鏈式反應為特征的、以檢測DNA/RNA為目的的各種病原體檢測及基因分析。實時熒光定量PCR儀原理：

實時熒光定量PCR技術是指在PCR反應體系中加入熒光基團，利用熒光信號積累實時監測整個PCR進程，后通過標準曲線對未知模板進行定量分析。

在常規PCR基礎上添加了熒光染料或熒光探針。熒光染料能特異性摻入DNA雙鏈，發出熒光信號，而不摻入雙鏈中的染料分子不發出熒光信號，從而保證熒光信號的增加與PCR產物增加*。